Margarita fue descubierta el 15 de agosto de 1498 durante el tercer viaje de Cristóbal Colón. En ese viaje el Almirante descubriría también a la tierra firme, Venezuela. Aquel día de agosto Colón divisó tres islas, dos de ellas pequeñas, bajas y áridas (las actuales Coche y Cubagua), separadas por un canal de una tercera, mayor, cubierta de vegetación y poblada de indígenas que la llamaban Paraguachoa, vocablo que significa según historiadores "peces en abundancia" y según otros "gente de mar".

Colón bautizó la isla con el nombre de La Asunción, por haber sido descubierta en la fecha religiosa de la Virgen que lleva ese nombre. Al año siguiente, en 1499, Cristóbal de la Guerra, la rebautizó con el nombre de La Margarita debido a la abundancia de perlas encontradas en la region, otras hipotesis sugieren que el nombre de Margarita es referida por la reina Margarita de Austria.

Erigida en 1525, la Provincia de Margarita es la más antigua de las que en 1777 formaron la Capitanía General de Venezuela. Había dependido de la Real Audiencia de Santo Domingo hasta 1739, cuando fue anexada al Virreinato de Nueva Granada, junto con otras entidades; y en 1830, al surgir la República de Venezuela, fue una de sus 13 provincias originales. En 1864, al dividirse el país en 20 estados y un Distrito Federal, Margarita tomó el nombre de Estado Nueva Esparta. En 1881 pasó a ser sección del Gran Estado Guzmán Blanco (llamado Miranda desde 1889 hasta 1898). En 1901, dos años después que se restituyera la autonomía de los estados, retomó el nombre de Nueva Esparta, pero lo pierde otra vez entre 1904 y 1909, período en el cual es incluido en el Distrito Federal como Sección Oriental. Finalmente, en 1909 recupera su condición de estado y en 1948, se anexa a su territorio la isla de Cubagua.

Una de las ocho estrellas de la bandera Venezolana  es Margariteña!